Игра начинается после того, как Эд возвращяется с той стороны ворот, но у Ала остается тело.
Министерство алхимии снова получило филосовский камень. Так же камень каким-то образом оказался у гомункулов. Сейчас, у министерства появляется план по разрушению ещё одного города- Ризенбурга. Как государственный алхимик, Эдвард отказывается в этом учавствовать и его увольняют из министерства. Ранее, как гос. алхимику ему тоже дали филосовский камень, который он не вернул  при увольнении. Также, после уничтожения Ризенбурга, Министерство желает уничтожить и всех гомункулов. Узнав об этом, Ласт решается помочь городу и защитить себя.